Ulrich Kaiser studierte an der Hochschule der Künste Berlin Chorleitung, Gesang/Musiktheater, Musiktheorie sowie Gehörbildung. Seit 1987 unterrichtete er an verschiedenen Institutionen (Musikschule Berlin-Wilmersdorf, Evangelische Kirchenmusikschule Berlin-Spandau, Universität der Künste Berlin) und arbeitete als freiberuflicher Chorleiter und Sänger. 1997 folgte Ulrich Kaiser einem Ruf als Professor für Musiktheorie an die Hochschule für Musik und Theater München, 2007 wurde er mit einer Arbeit über Wolfgang Amadé Mozart im Fach Musikwissenschaft promoviert (Die Notenbücher der Mozarts als Grundlage der Analyse von W. A. Mozarts Kompositionen 1761–1767). Ulrich Kaiser programmiert sehr gerne Webapplikationen (c#, JavaScript & HTML) und bietet Webprogrammierung und -design seit 2016 als Dienstleistung an (webdoc.online). Er ist Ombudsmann für gute wissenschaftliche Praxis und als Lehrbeauftragter für Multimedia Leiter der Multimediaabteilung im Lehramt an der Hochschule für Musik und Theater München. Von 2012−2018 war er Vorsitzender des Promotionsausschusses an dieser Institution.
Bekannt wurde Ulrich Kaiser durch seine Buchpublikationen und Unterrichtshefte. Nach langjähriger Zusammenarbeit mit namhaften Verlagen (Bärenreiter, Klett) veröffentlicht er seit 2009 Open Educational Ressources zur Musik (auf eor-musik.de und auf dieser Domain) sowie wissenschaftliche Open-Access-Beiträge (Publikationsliste, zu Wolfgang Amadé Mozart siehe auch mozartforschung.de und zur Gehörbildung gehoerbildung.kaiser-ulrich.de/).